Diese gemauerte Kirche wurde um 1340 vom König Kasimir dem Großen gestiftet. Die Bauarbeiten wurden nach 1348 unterbrochen, nachdem die Fundamente und die Wände des Chorraums fertiggestellt waren und wurden 1369 von einem Steinmetz namens Cypser fortgesetzt. Die Kirche wurde 1401 eingeweiht, aber die Bauarbeiten dauerten noch bis 1405, als der König Władysław Jagiełło die Augustiner-Chorherren vom Lateran holte. Die Arbeiten liefen bis 1477, der obere Teil der Fassade wurde 1500 und der Turm zwischen 1566 und 1582 angebaut. 1405 wurde auch eine Klosteranlage errichtet. 

Es ist eine riesige, monumentale gotische Basilika aus Backstein und Naturstein mit einem spitzigen Turm. Die dreischiffige, leichte und schlanke Kirche hat einen verlängerten Chorraum mit einer Sakristei, einer Schatzkammer und einem Oratorium. Der vierjochige Bau ist von Kapellen und Vorbauten umgeben und von einem Turm flankiert. Die Kirche und das Kloster sind durch einen Arkadengang miteinander verbunden. An dem Vorraum fallen zwei Kerker auf, in denen die Sünder eingesperrt waren. 

Die ursprünglich gotische Ausstattung der Kirche wurde größtenteils durch barockes Mobiliar ersetzt. Im riesigen und reich vergoldeten Hauptaltar aus Holz, der ein Werk aus der Werkstatt von Baltazar Kuncz von 1637 ist, sind Gemälde von Tommaso Dolabella ausgestellt. Das manieristische Chorgestühl aus den Jahren 1624-1632 ist mit Heiligenfiguren und Bildern auf Rückenlehnen aus der Werkstatt von Tommaso Dolabella verziert. Die Kanzel aus dem 18. Jahrhundert weist die Form eines Bootes auf. Im Chorraum sind Teile von gotischen Buntglasfenstern von 1430 erhalten geblieben, die in ein gemeinsames Fenster eingefügt wurden. Die Kapelle beherbergt ein wundertätiges Tafelbild der Madonna mit Apfel aus der Zeit um die Wende vom 15. zum 16. Jahrhundert, das dem Maler Marcin Czarny zugeschrieben wird. Die Kirche ist mit der größten Orgel in Kraków von 1957 ausgestattet, die aus der Hauptorgel in der Chorempore und einer Nebenorgel im Chorraum besteht. 

Der Papst Johannes Paul II. erhob die Kirche 2005 zu einer Basilika minor. Die Ablassfeier finden hier am Fronleichnam, am 5. Mai, dem Tag des Heiligen Stanisław Kazimierczyk, und am 28. August, dem Tag des Heiligen Augustinus statt.