Das kleine Gotteshaus wurde an einem zum Wawel-Hügel führenden Weg, in der Nähe der Quelle des Heiligen Adalberts aufgestellt. Die heutige romanische Kirche wurde Anfang des 12. Jahrhunderts erbaut. Die Kirche wurde mehrmals umgestaltet und vereint heute romanische, gotische und barocke Elemente. Von den romanischen Fragmenten sind hier Steinbauteile erhalten geblieben: die profilierten Fenster, das Portal und ein Teil der Mauern aus Steinblöcken. 

Die ersten urkundlichen Erwähnungen dieser Kirche stammen aus dem 16. Jahrhundert, aber die Existenz eines Vorgängergebäudes an dieser Stelle wurde durch architektonische Forschung und archäologische Ausgrabungen im 19. und 20. Jahrhundert bestätigt. Die erste Kirche (aus dem 10.-11. Jh.) war aus Holz gebaut und umfasste einen kleinen Chorraum, ein Schiff mit einer Vorhalle; ein weiteres Gebäude, das in der zweiten Hälfte des 11. Jahrhunderts auf der Stelle aufgebaut wurde, war auch mit einem Holzboden versehen. Aus dieser Zeit stammen auch die Spuren eines Friedhofs, der in der Nähe der Kirche gefunden wurde. Das erste Gebäude aus Stein, das auf diesen zwei Vorgängerbauten aufbaut wurde, stammt aus der Wende vom 10. zum 11. Jahrhundert und wurde im 12. Jahrhundert umgebaut. Diese romanischen Wände können wir bis heute hier bewundern.

1404 wurde die Kirche auf Initiative des Bischofs Piotr Wysz Radoliński zu einer Universitätspfründe. 1453 hielt hier auf Einladung des Kardinals Zbigniew Oleśnicki und des Königs Kasimir IV. Andreas der damals hochgelobte Prediger Johannes Capistrano, ein Franziskanermönch und Begründer des neuen Zweigs dieses Ordens, als Bernhardiner bekannt, seine Predigten.

Die Kirche wurde erneut erst im 17. Jahrhundert umgebaut. Aufgrund der Tatsache, dass die Ebene des Marktplatzpflasters im Laufe der Jahrhunderte ständig anstieg, wurde die kleine Kirche um etwa 4 Meter aufgestockt (der romanische Bodenbelag um mehr als einen Meter erhöht) und mit Ziegeln verstärkt. Damals wurden die charakteristischen runden Fenster durchbrochen. Der Chorraum wurde mit einem Tonnengewölbe und das Kirchenschiff mit einer Kuppel eingedeckt. Von nun an betritt man die Kirche nicht mehr von der Südseite, sondern durch einen in die Westwand gehauenen Eingang. An der Nordseite wurde eine kleine Sakristei und wenig später an der Südseite eine dem Heiligen Johannes von Nepomuk geweihte Kapelle aus Holz angebaut. Bei der Restaurierung der Kirche im 18. Jahrhundert wurde die Sakristei aus Holz durch eine gemauerte ersetzt, die Kirche mit Gemälden von Andrzej Radwański geschmückt und die Seitenkapelle in die Kapelle des Seligen Wincenty Kadłubek umbenannt. Außerdem wurden neue, vom Bischof Michael Koźmin geweihte Altäre (darunter der Hauptaltar mit Gemälden der Muttergottes mit Kind und der heiligen Tekla aus dem 17. Jahrhundert sowie mit Statuen des heiligen Adalberts und des heiligen Stanislaus), die Chorempore und ein barocker Beichtstuhl errichtet.

Nach dem Ausbruch des Krakauer Aufstands (1846) wurden in der Adalbert-Kirche ein Lazarett für Verwundete und ein Gefängnis eingerichtet. Bei einer umfassenden Sanierung wurden die Wände neu verputzt, wobei die romanischen Mauerteile einschließlich eines schmalen Fensters im Chorraum freigelegt wurden. Damals sind auch die Steinpoller mit Ketten um die Kirche aufgestellt.

In der Zwischenkriegszeit konnten unter anderem die Fundamente trockengelegt, der romanische Putz ausgebessert und eine Vorhalle angebaut werden, die den Chorraum mit der Kapelle des Seligen Wincenty verbindet. Parallel wurden Konservierungsarbeiten und archäologische Untersuchungen durchgeführt.

Die letzten größeren Umbauarbeiten fanden in den 1960er Jahren statt. Zwei barocke Altäre und die Kanzel wurden entfernt, und die beschädigten Malereien in der Kuppel wurden durch Werke von Eugeniusz Czuchorski ersetzt. Damals wurde das Gebäude in zwei Ebenen unterteilt: Die obere Ebene diente weiter als Kirche und die untere Ebene beherbergte eine Ausstellung über die unterirdische Geschichte des Hauptmarktes. In einer vom Archäologischen Museum Kraków betreuten Ausstellung (Link zur Beschreibung der St.-Adalbert-Kirche Kraków) können wir heute ein Modell der ersten St.-Adalbert-Kirche aus Holz, die Fundamente ihrer romanischen Mauern und zahlreiche von den Archäologen freigelegte Artefakte sehen.

Seit 1949 dient die St. Adalbert-Kirche als eine Rektoratskirche.