Nach der Eingemeindung des Ortes Dębniki 1910 in Kraków, beschlossen der Bürgermeister Juliusz Leo und der Stadtrat, eine Pfarrkirche für die Stadtteile am rechten Ufer der Weichsel zu bauen. 1918 legte der Erzbischof von Kraków – Adam Sapieha, eine neue Seelsorgestelle an, die unter anderem den Stadtteil Dębniki umfasste, und vertraute sie dem Orden der Salesianer an.

1920 wurde eine Kirche aus Holz gebaut, und als diese für die Gemeinde zu klein wurde, beschloss man 1929 eine neue Kirche zu bauen, die in den Jahren 1932-1938 nach einem Entwurf des Architekten Wacław Krzyżanowski, der unter anderem das Gebäude der AGH-Hochschule für Bergbau und Metallurgie und die Jagiellonen-Bibliothek entwarf, gebaut wurde. An der Einweihung der Kirche nahm auch der Student der Polonistik Karol Wojtyła teil, der im Sommer 1938 in Dębniki im Haus seines Onkels Feliks Kaczorowski wohnte. Von 1938 bis 1944 ließ er sich dann in der Kirchengemeinde nieder. 1946 feierte er hier seine erste Messe mit den Gläubigen, und am 17. August 2002 besuchte er als Papst Johannes Paul II. dieses Gotteshaus.

Die Kirche ist im Stil des Modernismus gebaut, einschiffig auf dem Grundriss eines lateinischen Kreuzes. Das Kirchenschiff ist dem flach abgeschlossenen Chorraum durch ein Querschiff getrennt, und über dessen Schnittpunkt mit dem Kirchenschiff erhebt sich der dominierende Glockenturm mit 45 Meter Höhe, der von einer durchbrochenen Kuppel mit einem Kreuz gekrönt wird. Die Fenster sind mit Buntglas und die Säulen mit Mosaiken aus den frühen 1980er Jahren verziert.