Dem König Sigismund III. war es zu verdanken, dass der Bau dieses Gotteshauses in den Jahren 1624 – 1626 größtenteils aus den Einnahmen des hiesigen Salzbergwerks finanziert wurde. Zwischen 1650 und 1655 wurde hier im Auftrag des Salzgrafen von Wieliczka Sebastian Koszucki ein Kloster errichtet. Die Kirche in Wieliczka war die erste reformierte, gemauerte Kirche in Polen. 1718 brannten die Klostergebäude und die Kirche nieder und wurden 1721 wiederaufgebaut. Während des Ersten Weltkriegs wurde das Kloster schwer beschädigt und 1915 von russischen, später von österreichischen Truppen besetzt. 1928 wurde das Noviziatsgebäude errichtet, in dem sich heute eine Schule befindet.

Die Ausstattung der barocken Klosterkirche aus der Mitte des 18. Jahrhunderts wurde größtenteils von Schreinern und Holzschnitzern angefertigt, die selbst Mönche waren. Die Wandmalereien von 1928 sind das Werk von Jan Bukowski. In der Kapelle neben der Sakristei befindet sich ein historisches Kruzifix. Michał Stachowicz malte die Gemälde im Haupt- und in den Seitenaltären, sowie die Kreuzwegstationen und das Letzte Abendmahl im Refektorium. Die neueren Gemälde sind das Werk des lokalen Malers Stefan Chmiel.

Im Seitenaltar befindet sich ein auf einer dünnen Steintafel in barocker Manier gemalte Bildnis der Muttergottes der Gnade. Es wurde Mitte des 16. oder am Anfang des 17. Jahrhunderts in Italien gemalt und gelangte nach Wieliczka aus Italien oder aus dem Balkan durch die Kaufleute, die hier mit Salz handelten. Am Anfang befand es sich in einer Kapelle, an deren Stelle die Klosterkirche errichtet wurde. Das Bildnis ist in ein vergoldetes Metallkleid gekleidet und mit zahlreichen Votivgaben verziert. 1878 wurde das aus Lindenholz geschnitzte Kleid durch ein Kleid aus Silber ersetzt. Das Bild wurde mehrmals restauriert und teilweise übermalt, unter anderem in den Jahren: 1878, 1933 und 1976. Der Fürsprache Marias wird die Rettung der Stadt im Jahr 1992 zugeschrieben, als ein heftiger Wasserausbruch aus dem Bergwerk Teile der Stadt zu zerstören drohte. 1995 wurde das Gemälde mit goldenen Kronen gekrönt, die vom Papst Johannes Paul II. geweiht wurden.

Die Ablassfeste finden am 02. August (Fest der Muttergottes von den Engeln) und am 4. Oktober (Gedenktag an Heiligen Franz von Assisi) statt.