Das 1616 gestiftete und zuerst aus Holz gebaute Kloster und die Kirche, die Alwernia genannt werden, wurden auf dem Berg Podskale errichtet, der ihren Stifter Krzysztof Korycinski aus dem Geschlecht Topór, Kastellan von Wojnicz und Starost von Gniewkowo - an den italienischen Hügel La Verna (lat. Alvernia) in der Toskana erinnerte, auf dem der Heilige Franz von Assisi seine Einsiedelei gründete und seine ersten Stigmata empfing.

Die einschiffige gemauerte Kirche im Barockstil, die den Stigmata des Heiligen Franz von Assisi geweiht ist, wurde in den Jahren 1625 - 1656 erbaut (die alte Holzkirche konnte die wachsende Anzahl der Gläubigen nicht mehr aufnehmen). In den Jahren 1703 und 1708 wurde eine Kapelle angebaut, in der das wundertätige Gemälde „Ecce Homo“ (deutsch für Das ist der Mensch) aufbewahrt wird. 1897 wurde ein 55 Meter hoher Turm angebaut. 2011 brannte das Dach mit dem oberen Geschoß des Klosters ab. Die Anlage, die ein wunderschönes Beispiel barocker Kunst ist, wurde sorgfältig restauriert und wiederaufgebaut. Heute ist die Kirche der Stigmata des Heiligen Franz von Assisi das Sanktuarium des Barmherzigen Jesu und der Ort der Verehrung des Gemäldes des Herrn Jesu „Ecce Homo“, das hier als Ikone der göttlichen Barmherzigkeit verehrt wird. Das Gemälde sollte dem letzten byzantinischen Kaiser Konstantin XII. (1448-1453) gehören und fiel nach der Eroberung von Konstantinopel in die Hände von Sultan Mohammed II. (1451-1481). Der Sultan Amurat IV. (1623-1640) schenkte das Gemälde dem österreichischen Kaiser Ferdinand II. (1619-1637) oder Ferdinand III. (1637-1657). Anschließend wurde das Gemälde in eine Kirche in Košice in die Slowakei gebracht. Die feierliche Übergabe des Gemäldes an das Kloster Alwernia fand 1686 am Fest der Muttergottes von den Engeln im Beisein von Priestern, Adeligen, Mitgliedern religiöser Bruderschaften und einer großen Anzahl von Gläubigen statt. Das Bildnis wurde zunächst im Hauptaltar und nach dem Bau einer Kapelle 1709 in dem Altar der Kapelle ausgestellt. Das Gemälde ist auf Leinwand gemalt und auf ein Eichenbrett aufgeklebt. 1700 erhielt das Bild ein Kleid aus Silber, eine kollektive Votivgabe der Pilger, die 1984 gestohlen wurde.

Das Kloster Alwernia war nie eine große Anlage. In der Regel wohnte hier ein Dutzend Mönche. Es ist ein Wallfahrtsort. Hier beteten die polnischen Könige, wie Johann III. Sobieski und Stanislaw August Poniatowski, auch die Hierarchen und Würdenträger der katholischen Kirche pilgerten hierher.

Das Sanktuarium ist nach Kalwaria Zebrzydowska der zweite Ort in Małopolska, an dem in der Karwoche ein Passionsspiel aufgeführt wird, und am ersten Weihnachtsfeiertag kann man hier ein Krippenspiel sehen.

Die wichtigsten Ablassfeste sind: Der Sonntag der Barmherzigkeit Gottes, der Sonntag nach dem Fronleichnam und das Fest der Stigmata des Heiligen Franziskus (am 17. September).