To wyjątkowe miejsce pod względem religijnym i kulturowym rocznie odwiedza ponad 1,5 miliona pielgrzymów.

A wszystko zaczęło się na początku XVII wieku. Jak głosi legenda, wojewoda krakowski Mikołaj Zebrzydowski, miał pewnego dnia ujrzeć na wzgórzu żar trzech płonących krzyży unoszących się ku niebu. W tym miejscu w 1602 roku ufundował kościółek i przekazał go w opiekę zakonowi bernardynów. Z czasem, za sprawą rodu Zebrzydowskich, kompleks zaczął się rozrastać. Wybudowano barokowy kościół, w którym umieszczony jest cudowny wizerunek Matki Bożej Kalwaryjskiej, następnie klasztor bernardynów. Obydwie budowle zostały wzniesione według projektu architekta Jana Marii Bernardoniego oraz architekta i złotnika flamandzkiego Pawła Baudartha. Spod jego ręki wyszły także prawie wszystkie kapliczki na kalwaryjskiej drodze krzyżowej, nazywanej drużkami kalwaryjskimi. A także pustelnia Pięciu Braci Polaków oraz kaplica świętej Marii Magdaleny. Wzorem do ich budowy była Droga Krzyżowa Pana Jezusa w Jerozolimie.

W barokowej bazylice przechowywany jest otoczony kultem cudowny obraz Matki Bożej Kalwaryjskiej podarowany sanktuarium w 1641 roku. W okresie Wielkiego Tygodnia odgrywane są tu Misteria Męki Pańskiej, z kulminacją w Wielki Piątek, które ściągają do Sanktuarium w Kalwarii Zebrzydowskiej tysiące pielgrzymów.

W 1979 roku sanktuarium odwiedził święty Jan Paweł II podnosząc je do rangi bazyliki mniejszej. Papież bywał tu jeszcze jako świecki, a następnie biskup krakowski. To jedno z najważniejszych polskich sanktuariów zostało w 1999 roku wpisane na Listę Światowego Dziedzictwa Kulturowego i Naturalnego UNESCO.