Die gotische Basilika entstand im 13. Jh., sie wurde jedoch später mehrmals umgebaut. Als Karol Wojtyła in Krakau Theologie studierte, nahm er hier oft an der hl. Messe teil. Er saß in einer der Bänke im Hauptschiff, links des Eingangs, nah der Sängerempore - heute findet man an der Stelle eine Infotafel. Der zukünftige Papst betete oft vor dem Gnadenbild der Schmerzensmutter, der sog. Traurigen Wohltäterin Krakaus in der Kapelle an der rechten Seite des Kirchenschiffs und in der Kapelle des Leidens Christi (an der anderen Seite des Schiffs) feierte er oft als Bischof und Kardinal privat den Kreuzweg. Heute befindet sich dort eine Kopie des Turiner Grabtuchs, geweiht von Johannes Paul II sowie ein kleiner Sarg mit den sterblichen Überresten der von ihm selig gesprochenen Aniela Salawa. 1896 arbeitete Stanisław Wyspiański an der Polychromie in der Franziskaner-Kirche. Von Ihm stammen Gemälde, die die Wände des Presbyteriums, des Transepts, des ersten Fragments des Kirchenschiffs und der Westfassade schmücken. Es dominieren in ihnen Motive von Blumen, Kräutern und Sternen. Neben dem Altar schaffte der Künstler figurative Gemälde. 1897 und 1902 arbeitete Wyspiański an Glasfenster-Projekten: "St. Franz", "Die Selige Salomea", "Elemente" und der bekannteste und am hervorragendste "Gott der Vater".