Die Kirche sieht heute unscheinbar aus: Ein kleines Gebäude, das aus einem Chorraum (dem Teil für den Klerus, in dem sich der Altar befindet) und einem Kirchenschiff (dem Teil für die Gläubigen) besteht. Die von Strebepfeilern gestützten, unregelmäßig geformten Mauern verleihen dem Gebäude einen ungewöhnlichen Charakter, geben aber keine Hinweise auf seine frühste Geschichte.

Die Kirche ist die kleinste und gleichzeitig eine der ältesten Kirchen in Kraków. Die archäologischen Ausgrabungen ergaben, dass an dieser Stelle eine Rotunde aus dem 10. Jahrhundert stand. Diese unscheinbare Kirche befindet sich am Hang des Lasota-Hügels in der Nähe des Krakus-Erdhügels, der wahrscheinlich eine heidnische Kultstätte war. Man kann also annehmen, dass die Kirche an dieser Stelle eine Missionierungsfunktion erfüllte.

Das Gotteshaus wurde im 12. Jahrhundert erbaut. Es wurde 1254 erstmals urkundlich erwähnt. Es wurde aus Stein im romanischen Stil erbaut. Die Kirche wurde dann im 16. Jahrhundert auf Initiative des Paters Mikołaj Drozdowski erneuert. Im 17. Jahrhundert wurde die Kirche vom Orden des Heiligen Geistes betreut.

Bei den jüngsten archäologischen Ausgrabungen wurden Dutzende von Gräbern außerhalb und innerhalb der Kirche freigelegt, die aus verschiedenen Epochen stammen. In den ältesten Gräbern sind keine Särge zu finden, was darauf hinweist, dass die Toten wahrscheinlich in Leichentüchern bestattet wurden.

Die St.-Benedikt-Kirche ist derzeit für Gläubige und Besucher geschlossen. Sie kann nur jeden Samstag im Juni, Juli, August und September besichtigt werden.